世界上的高等植物在树木内部都共生着大量的内生真菌，这些真菌一些来自母体遗传，从种子带来，这叫纵向传播，还有一种横向传播，来自树表以外通过树叶树皮根部进入树体内部，这些内生真菌包括放线菌、病原真菌、菌根真菌，这些之所以叫内生真菌的特征是对树木无害，和谐共处，并以树木内的淀粉、糖、纤维、树脂酸等等为营养源，代谢出次生产物，这些产物很多都是沉香的主要成份，还包括芳香物质，但这些都只是沉香形成的基础。

　　再说下沉香的活性，以往说倍半萜等沉香木化学分子物质具备活性，其实它们都是这些真菌植株的代谢产物。

　　沉香或奇楠的活性其实指的是这些内生真菌，内生真菌和防线真菌主要寄生主之一是药材，正因为它们可以产生很多活性物质具备一定抗菌或抗氧化性所以才会成为药材，著名的红杉醇就是一种内生菌的代谢产物。

　　如何证实内生真菌与沉香的形成物有关，很简单，首先科学的研究结果是肯定的，简单的看看沉香树叶作为有机物形成的主要功能器官里的物质成份，基本没有沉香具备的物质，只有叶子里的多余糖类物质被输送到木质部作为能量储备起来，这些能量源最后在内生真菌的作用下代谢出哪些具备活性的沉香成份。

　　关于沉香树脂的形成，简单的说另一些外来真菌如腐生真菌里的白腐菌、褐腐菌、软腐菌，这些菌对树木的木质部有破坏作用，从而激发内部保护机制的运作，当然这个破坏过程不是一个单一过程，也不是唯一的结香诱导因素。

　　放线菌最为内生菌的一种，已知研究结果我们知道放线菌是沉香产生芳香物质的重要菌群，这种菌的种类很多，只是以其形态区分，至于具体属于那种类别就是具体研究了，放线菌以淀粉等糖类为食物，我们要知道的一点是沉香树三年生以上的木质部导管内具有很多淀粉颗粒物质，为放线菌提供了食物的来源，通过分解食用排泄就产生出了芳香类物质，同时还要了解到放线菌的另一个特质，放线菌在其生理代谢过程中还可产生黄、蓝、红、绿、褐和紫等水溶色素和脂溶性色素，色素在放线菌的分类和鉴定上有重要的参考价值。那么我们联想一下各色棋楠的形成，似乎可以理解为不同种类放线菌的作用形成了不同色状的沉香或奇楠。

　　这里还要说明一点关于奇楠的树种学说和菌种学说，这两种学说其实用内生真菌解释完全可以说通，首先不同的内生真菌首地理环境温度海拔等等因素的影响，某些内生真菌只在某些地区存在，这些已知道科学结果不可否认，棋楠种其实指内生真菌纵向传播，就是幼体从母体中获得可以形成棋楠特征的某些内生真菌，所以只在某些地区才有所谓的棋楠种，同时又具备某些特定诱发结香真菌和特定的放线菌，所以发生貌似偶发性的棋楠生成，很显然棋楠对地理等环境因素具有很强的挑剔，就是因为这些地方才有可能存在某种可以纵向遗传的内生真菌，再加上某些特殊结香诱导菌的存在才会结出棋楠香，另外，棋楠结香部往往主要在树根、树头、树头以上树干部，原因是因为这部分淀粉类有机能量储存较多，容易成为内生真菌产生代谢物质的营养源。